ביקורת עומק היא ביקורת מקיפה שייכולה להתקיים בכל עמותה, בלי קשר לגודל, לסוג או להיקף הפעילות שלה. בסיום הבדיקה מקבלים אישור ניהול תקין.
חלק מן הניהול השוטף של העמותה או החל"צ דורש היערכות לביקורות העומק. המשמעות היא וידוא כי קיימים כל מסמכי ההתאגדות, קיימים כל בעלי התפקיד המחוייבים בחוק, הוגשו כל הדוחות והמסמכים, הניהול מתבצע בהתאם לנהלים ללא ניגודי ענייניים, וניהול הכספים מתנהל באופן תקין, כך שכספי העמותה מנוצלים כראוי אך ורק למטרות המוצהרות.
במידה והבדיקה איננה תקינה יש מגוון רחב של סנקציות שהמבקר יכול לנקוט, החמורה שבהן היא פירוק העמותה.

יש שלושה סוגים של ביקורות עומק: רשם העמותות, החשב הכללי ורשות המיסים. כל גוף מבצע ביקורת בדגש על זווית ספציפית:
* רשם העמותות בודק באמצעות רואי חשבון ייעודיים שהעמותה מתנהלת בהתאם לחוק העמותות ולהנחיות הרשם להתנהלות תקינה של עמותות, וכן שהעמותה פועלת בהתאם למטרותיה ושאינה עוברת על איסור חלוקת רווח.
* החשב הכללי בודק עמידה בכללי מנהל תקין, עמידה בכללים הנדרשים לתמיכה תקציבית במוסדות ציבור (תכ"ם – תקנון כספים ומשק של מדינת ישראל) ועמידה בנוהל להגשת בקשות לתמיכה מתקציב המדינה.
* רשות המיסים תבצע ביקורת מס, ביקורת ניכויים וביקורת לצורך מתן או חידוש אישור סעיף 46 לפקודת המס – האישור מקנה זיכוי מס לתורם.

כדי להתכונן כראוי, רואי החשבון שלנו יערכו לכם בדיקה מקדימה בהתאם לסעיפים שרשם העמותות בודק ויסייעו לכם לגלות ולתקן ליקויים מבעוד מועד.